Tijekom svoje bogate karijere, Margaritoni je ostavio dubok trag u dubrovačkoj bolnici, posebno u području kirurgije dojke, podižući kvalitetu i reputaciju zdravstvene ustanove na zavidnu razinu.
Većinu svog profesionalnog života proveo je u Općoj bolnici Dubrovnik, gdje je godinama vodio Odjel plastične kirurgije i kirurgije dojke, a obnašao je i ključne dužnosti poput voditelja Znanstveno-nastavne jedinice i predsjednika Stručnog vijeća. Njegov doprinos uključuje organizaciju brojnih domaćih i međunarodnih kongresa, simpozija i radionica te je bio koautor udžbenika i nastavnih materijala iz područja plastično-rekonstruktivne kirurgije. Objavio je više od 250 znanstvenih i stručnih radova te održao niz predavanja u Hrvatskoj i svijetu.
Osim vrhunskog liječničkog rada, Marko Margaritoni bio je poznat po svojoj velikoj predanosti Vaterpolo klubu Jug, kojem je kao klupski liječnik bio nerazdvojno vezan punih 37 godina.
Marko Margaritoni bio je i profesor, dijelio je znanje mladima na Studiju sestrinstva Sveučilišta u Dubrovniku te je u ožujku 2024. objavio udžbenik „Kirurgija za zdravstvene studije“, jedinstveno djelo u kojem je plastiku prvi put uključio kao važan dio kirurške edukacije. Njegov profesionalni angažman prepoznat je brojnim nagradama i priznanjima, a bio je i član predsjedništva Hrvatske lige protiv raka.
Dubrovački dnevnik izražava iskrenu sućut obitelji i prijateljima.
